Im Jahr 1294 ging Pieniążkowo, als Kirchendorf, in den Besitz der Bischöfe von Włocławek über, was zur Gründung der Pfarrei in Opalenie Ende des 13. Jahrhunderts beitrug. Im Jahr 1302 war der Besitzer von Opalenie ein Ritter namens Maciej oder Mateusz. Im Jahr 1365 verliehen die Kreuzritter Opalenie das Stadtrecht, wodurch das Land den Bauern übertragen wurde und der Pfarrer vier Hufen Land als Besoldung erhielt. In dem Dokument wurde auch eine bereits bestehende Holzkirche erwähnt, die dem hl. Peter geweiht war und eine wichtige Rolle für die lokale Gemeinschaft spielte. Im 17. Jahrhundert, nach den Zerstörungen durch die „schwedische Sintflut“, wurde die Kirche 1665 in Fachwerkbauweise wieder aufgebaut. Die heutige Kirche wurde 1773 auf den Fundamenten der gotischen Kirche errichtet, was ihr einen barocken Charakter verlieh. Der Stifter dieses Gebäudes sowie des Pfarrhospitals aus dem Jahr 1774 war Jakub Hutten-Czapski, der damalige Besitzer von Opalenie. Im Jahr 1925, nach Jahren der Zugehörigkeit zu anderen Pfarreien, stellte Bischof Augustyn Rosentreter die Pfarrgemeinde Opalenie unter dem Patronat der Heiligen Peter und Paul wieder her, wodurch ihr Fortbestehen gesichert wurde. Die Kirche in Opalenie unterstand dem Regierungspatronat, und der Bischof von Chełmno war ihr Schirmherr.