Był synem wojewody chełmińskiego Jana Wejhera i starościanki mirachowskiej Anny Szczawińskiej. Pochodził z jednego z najznamienitszych rodów Pomorza. Fundator miasta Wejherowa i kalwarii. Żonaty dwukrotnie, z Anną Elżbietą Schaffgotsch, oraz po jej śmierci z Joanną Katarzyną z Radziwiłłów. Z pierwszego małżeństwa miał dwie córki: Cecylię Eleonorę i Annę Teresę. Żadna z nich nie doczekała się męskich potomków. Ukończył szkołe jezuitów w Braniewie, a potem uniwersytet w Bolonii. Po studiach poswięcił sie karierze wojskowej. Służył w armii Ligi Katolickiej książąt Rzeszy Niemieckiej, w wielu krajach, w tym na Malcie, stąd być może krzyż maltański w herbie Wejherowa. Po powrocie od 1632 r. służył w wojsku koronnym króla Władysława IV w stopniu pułkownika i uczestniczył w ważniejszych kampaniach wojennych m.in. wojnie smoleńskiej (1632-34), polsko-szwedzkiej (był komendantem portów we Władysławowie i Kazimierzowie (1635), w 1650 bronił Pucka, podczas potopu szwedzkiego w 1655 r. mianowany generałem ziem pruskich), polsko-ukraińskiej (walczył w 1651 r. w bitwie pod Beresteczkiem przeciwko oddziałom kozacko-tatarskim hetmana B. Chmielnickiego). Uczestniczył również czynnie w życiu politycznym. Kiedy rozpoczynał budowę Wejherowa nawet nie przypuszczał, że ma przed sobą już niewiele lat życia. Zmarł po krótkiej chorobie 20 lutego 1657 r. w wieku 47 lat nie zostawiając po sobie następcy rodu. Miał dwie córki z pierwszego małżeństwa z Anną Elżbietą Schaffgotsch oraz jedną córkę w drugim małżeństwie z Joanną Katarzyną z Radziwiłłów. Jego pogrzeb odbył się uroczyście w Gdańsku. Spoczywa w podziemnej krypcie kościoła klasztornego oo. franciszkanów pw. św. Anny. w Wejherowie.