W podziemiach klasztoru ojców franciszkanów znajduje się Muzeum Franciszkańskie, w którym znajdują się trzy krypty oraz pomieszczenie ekspozycyjne. W jednej z krypt spoczywa Jacub Wejher założyciel miasta Wejherowa, natomiast pomieszczenie ekspozycyjne obrazuje dzieje rodu Wejherów oraz działalnośc klasztoru w dziedzinie szkolnictwa i organizacji obchodów kalwaryjnych.