W 1294 roku Pieniążkowo, jako wieś kościelna, przeszło na własność biskupów włocławskich, co przyczyniło się do powstania parafii w Opaleniu pod koniec XIII wieku. W 1302 roku właścicielem Opalenia był rycerz Maciej lub Mateusz. W 1365 roku Krzyżacy nadali Opaleniu przywilej lokacyjny, dzięki czemu ziemia została przekazana chłopom, a proboszcz otrzymał cztery włóki ziemi jako uposażenie. W dokumencie wspomniano także o istniejącym już drewnianym kościele pw. św. Piotra, który pełnił ważną rolę dla lokalnej społeczności. W XVII wieku, po zniszczeniach spowodowanych „potopem” szwedzkim, kościół został odbudowany w 1665 roku w konstrukcji ryglowej. Obecny kościół wzniesiono w 1773 roku na fundamentach gotyckiej świątyni, co nadało mu barokowy charakter. Fundatorem tej budowli oraz szpitala parafialnego z 1774 roku był Jakub Hutten-Czapski, ówczesny właściciel Opalenia. W 1925 roku, po latach przynależności do innych parafii, biskup Augustyn Rosentreter przywrócił parafię opaleńską pod wezwaniem św. Piotra i Pawła, zapewniając jej dalsze funkcjonowanie. Kościół w Opaleniu podlegał patronatowi rządowemu, a kolatorem był biskup chełmiński.