Godziszewo, jedna z najstarszych osad na Pomorzu, od 1301 roku należało do biskupów kujawskich, którzy przekazali je cystersom z Lądu. Zakonnicy dzierżawili majątek od 1328 roku aż do 1772 roku. W trakcie burzliwych dziejów, miejscowość wielokrotnie doświadczyła zniszczeń – zarówno w czasie wojny trzynastoletniej, jak i wojen szwedzkich. W 1626 roku niemal cała zabudowa Godziszewa spłonęła, jednak kościół pod wezwaniem Świętych Apostołów Piotra i Pawła ocalał.

Nie oszczędziły go jednak późniejsze wydarzenia. W 1747 roku uderzenie pioruna strawiło świątynię wraz z jej wyposażeniem. Rok później opat Antoni Łukomski wzniósł nowy, barokowy kościół pod wezwaniem Świętego Jana Nepomucena. Budowla została wykonana w stylu orientowanym, na planie prostokąta, z trójbocznym prezbiterium, a całość zwieńczono dwuspadowym dachem. Z zachodniej strony do świątyni dobudowano drewnianą wieżę.

Wnętrze jednoprzestrzennej świątyni zachwyca wystrojem z lat 1750–1760. W kruchcie bocznej można zobaczyć manierystyczną płytę nagrobną z 1623 roku, upamiętniającą podkomorzego pomorskiego Jana Wiesiołowskiego oraz jego żonę, Justynę z Branickich. Z dawnej, XVII-wiecznej świątyni zachował się również późnorenesansowy nagrobek Wiesiołowskich, podkreślający bogatą historię tego miejsca.