Kościół Klasztorny fundacji Jakuba Wejhera wzniesiono w latach 1648-1651. Wyposażenie kościoła pochodzi z XVII i XVII wieku. Poświęcenia świątyni dokonał pierwszy przełożony konwentu wejherowskiego o. Grzegorz Gdański nadając mu tytuł św. Anny. Konsekracja kościoła i ołtarza odbyło się 1663 roku, a dokonał jej sufragon wlocławski i pomorski bp Stanisław Domaniewski. Kościół Franciszkanów jest najstarszym zabytkiem miasta.

W bocznym ołtarzu znajduje się Cudowny Obraz Matki Bożej Wejherowskiej czczonej jako uzdrowienie chorych na duszy i ciele. Koronacji tego obrazu dokonał Jan Paweł II na sopockim hipodromie w 1999 roku. Pod samym kościołem znajdują się nisko sklepione podziemia, w ktorych znajdują się krypty grzebalne Wejherów, Przebędowskich, zakonników i dobrodziejów. Od 1971 roku udostępnione do zwiedzania. Krypta południowa mieści niewielką ekspozycję historyczną, ukazującą przedmioty wydobyte z trumien oraz dokumenty i pamiątki związane z historią klasztoru i kalwarii.

Budynek jest niewielki, proporcjonalny, nieorientowalny, układy północ południe. Jego prostokątny, bezwieżowy korpus bez zewnętrznej kruchty rozbudowuje od południa niższe prezbiterium z osadzoną na dachu wieżyczką, a od zachodu czworoboczna kaplica. Budowla reprezentuje kilka stylów architektonicznych. Ściany przypominają styl gotycki styl, nawę nakrywa typowe dla renesansu sklepienie kolebkowe-krzyżowe. Północne przęsło świątyni z barokową fasadą zostało dostawone w 1754 roku, wowczas to w niszach fasady wymalowano wizerunki Marii, św. Anny oraz patronów zakonu.

Wnętrze świątyni urzeka bogatym, barokowym wystrojem. W ołtarzu bocznym wisi słynący cudami barokowy obraz Matki Bożej Wejherowskiej. Południową ścianę prezbiterium zdobi polichromia przedstawiająca fundatorów klasztoru Wejhera i jego małżonkę Annę z Schaffgotschów. Widnieje również na niej najstarsza panorama Wejherowa, niestety zaslonięta częsciowo przez ołtarz główny.

Krypty oficialnie dostępne są od poniedziałku do piątku w godzinach 10-12 i 14-17, ale łatwiej można do nich zajrzeć w okresie letnim.